jekyll의 버전 업그레이드로 인해서 theme가 기본적으로 입혀져 있다고 한다. 그래서 디렉토리에서 보면 _layouts, _includes...가 기본적으로 보이지 않는다. Jekyll docs theme에서 해당 내용을 확인하고 해결하였다.